PCR又称多重引物PCR或复合PCR，指在同一PCR反应体系里加上两对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同，具有高效性、系统性、便捷性，而其最大的应用价值在于提高临床诊断的敏感性。引物设计为多重PCR反应的重要限制性因素，目前采用先进的引物基团修饰技术，可以使得修饰基团将引物彼此隔离开，引物之间无法随机匹配，从而实现单管PCR体系中多个引物同时进行反应。