原位杂交包括DNA及RNA原位杂交，通过将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，而实现对DNA或RNA的定位。基本原理为在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知探针片段，按核酸杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合（杂交），所形成的杂交体 (Hybrids）经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的DNA或RNA分子。

　　根据所用探针和靶核酸的不同，原位杂交可分为DNA-DNA杂交，DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交三类，可以在细胞标本或组织标本上进行。该方法的优点在于

　　1、 能够用于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA的研究；

　　2、操作不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确直接地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。