观察样本的细微结构与形态，是病理学诊断和研究的基本技术之一，应用领域广泛。电子显微镜技术可以应用的范围比较广泛。

　　1、用于胚胎及组织发生学方面：通过电镜可以了解新生血管芽的发生和形态特点。

　　2、临床上的应用：应用于多种疾病亚细胞结构病变的观察和诊断，特别是对于肾肌肉疾病和肾小球疾病的诊断。

　　3、用于疑难肿瘤上：用于判断有些疑难肿瘤（如未分化、低分化或多向分化肿瘤）的组织来源和细胞属性。

　　4、形态学的应用：用于细胞凋亡的形态学观察。

　　5、扫描电镜对样本三维形貌的细微显示和定量等。