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CirRNA机制研究
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circRNA测序分析
产品简介
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,是在转录过程中,通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状RNA分子。circRNA主要来源于内含子或外显子,在mRNA前体分子可变剪接加工过程中通过反向拼接或套索内含子的方式产生,具有进化上保守、结构稳定以及组织表达特异性等特征。
研究发现circRNA可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。circRNA也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外,circRNA的表达呈现出很强的组织特异性,也暗示circRNA具有重要的生物学功能。
与线性RNA不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。因此可通过去除total RNA中的rRNA和线性RNA分子,特异地富集circRNA分子后进行测序,更有针对性地分析样本中circRNA的种类并进行表达定量,结合生物信息学挖掘手段,研究circRNA的功能和调控机制。
技术路线
数据分析
基本分析
高级分析
原始数据质控及评估
与miRNA关联分析(需有miRNA数据)
与数据库比对分析
个性化分析
circRNA鉴定与注释
circRNA表达水平分析
鉴定新的circRNA
可变剪切事件识别
circRNA差异表达分析
GO和KEGG富集分析
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