基因组测序是环境中全部微小生物遗传物质的总和，它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过测序数据分析特定环境中微生物群体基因组成及功能，研究微生物多样性、种群结构、生物进化与环境之间的关系，解读微生物群体多样性与丰度，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。